1 WGS/WES分析
- 比对时需要参考序列索引文件，用aligner提前准备好，避免找不到文件报错
- bqsr步骤默认只输出recal.table，如果需要碱基质量校正后的bam文件，需要设置--out-bam参数
- 在WES场景下做比对结果统计时，可以有两种方式，一是在variantCaller步骤指定interval参数为wes bed文件，二是单独运行bam-stat工具，设置--bed参数。如果不添加bed文件，默认统计的是全基因组范围，导致覆盖度深度等信息结果不准
2 联合变异检测
- 输入的gvcf文件需要带上tbi索引文件。
- 参考基因组fasta需要fai和dict文件。
- 样本量很大时，建议参考7中的运行示例设置内存，避免内存设置过小导致内存溢出。
3 压缩
- 压缩输入的fastq文件，文件名后缀需要是 *.fq *.fastq *.fq.gz *.fastq.gz，否则认为文件类型不正确
- 输入的参考序列文件，需要是文本文件，文件名后缀需要是*.fa *.fasta，否则认为文件类型不正确
- 解压输入的arc文件，需要是本程序压缩的结果文件，否则认为文件类型不正确。
- 解压输入的参考序列文件，需要和压缩的参考文件保持一致，如果不一致，会报错提示:[ref load md5 error]
- fastq如果不完整，会报错提示[read fastq error]
- read如果seq和qual不等长，会报错提示[seqlen isnot equal quallen]
- 压缩，解压如果文件读写异常，会报错提示[read file err] [write file err]
- 解压时，如果数据块校验失败，会提示报错[block check fail]，这可能是压缩时异常，或者压缩数据没有正确保存。
- 需要设置 ulimit -n， 对于运行时的崩溃，会生成对应的coredump。
4 license相关
工具 DCS Tools 或 lickit 无法连接 licproxy。
如果您遇到了类似如下错误提示
* connection refused
* couldn't connect to server
请按照如下步骤进行排查：
4.1 在运行 DCS Tools 或 lickit 的机器通过如下命令行检查与 License 代理是否联通
curl -v http://$PROXY\_HOST/api/licensor/licenses/anon/pool
4.2 在部署 licproxy程序 的机器上查看进程是否存在
ps aux | grep licproxy
若进程不存在，则请先按照快速开始中的说明进行操作。
若进程存在，则请联系您的 IT 运维确保运行DCS Tools的机器可以和联网机器通信。
4.3 检查投递任务的脚本或命令行是否正确设置变量 PROXY_HOST
请检查您使用的脚本或命令行是否覆盖环境变量 PROXY_HOST，例如 licproxy 部署在 172.20.9.149:8909，那么您在运行脚本或命令行之前务必先设置:
export PROXY_HOST=172.20.9.149:8909
::: tip License 认证常见错误提示
- Permission denied（无权限或验证失败）
- Size must be greater than 0（提交线程数必须大于零）
- Pool size exceeded（提交线程数大于当前线程数）
- License expired（许可证已过期）
- Unknown error（未知错误）