Notes
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申请试用

注意事项

1 资源版本一致性

所有分析场景都应遵循以下原则：

  1. 参考基因组 FASTA、.fai、.dict 必须与下游分析使用的资源完全一致。
  2. dbSNP、known sites、interval/BED、germline resource、PoN 等资源不可混用不同参考版本。
  3. hg19 / GRCh37、hg38 / GRCh38 等不同版本资源混用，可能导致比对、重校正、变异检测和结果解释全部产生系统性偏差；请特别避免“版本混用”。

2 WGS / WES 分析

  1. 比对时需要参考序列索引文件，请先使用 aligner 的 --build-index 构建。索引类型用 --index-type 选择，可选 bwaFast（默认，标准索引，结果与 bwa 一致）、bwaUltra（高内存索引，更快、占用更多内存，结果与 bwa 一致）、minibwa（minibwa 索引）。比对时的 --index-type 必须与建索引时一致。
  2. bqsr 默认只输出 recal.table；如果需要碱基质量校正后的 BAM 文件，需要设置 --out-BAM。
  3. 对于 WES / panel 项目，variantCaller 阶段应显式设置 interval/BED；做 BAM 统计时也应显式使用同一 BED。
  4. 如果不在 WES / panel 项目中指定 BED，默认统计口径会退化为全基因组范围，导致覆盖度和深度等指标不准确。

3 联合变异检测

  1. 输入的 GVCF 文件需要带 .tbi 索引。
  2. 参考基因组 FASTA 需要同时具备 .fai 与 .dict。
  3. 样本量很大时，应先小范围按染色体或区间测试资源占用，再决定 jobs 与 memory 的配置。
  4. 队列项目建议统一保留单样本 GVCF，而不是只保留单样本 VCF。

4 体细胞变异检测

  1. 优先使用 tumor-normal 模式；若缺少 matched normal，再使用 tumor-only。
  2. Mutect2 的原始输出通常不应直接作为最终交付结果。
  3. 推荐继续使用 FilterMutectCalls 等后过滤步骤，得到更适合解释的结果。
  4. tumor-only 场景更依赖 germline resource、PoN 及后过滤策略，解释时应更保守。

5 压缩与解压

  1. 压缩输入的 FASTQ 文件名后缀需为 *.fq、*.FASTQ、*.fq.gz 或 *.FASTQ.gz。
  2. 输入参考序列文件应为文本 FASTA，文件名后缀需为 *.fa 或 *.fasta。
  3. 解压输入的 arc 文件必须是本程序压缩得到的结果文件。
  4. 解压时使用的参考序列必须与压缩时保持一致，否则会出现 [ref load md5 error]。
  5. FASTQ 不完整时，可能出现 [read FASTQ error]。
  6. read 的 seq 和 qual 不等长时，可能出现 [seqlen isnot equal quallen]。
  7. 文件读写异常时，可能出现 [read file err] 或 [write file err]。
  8. 若数据块校验失败，可能出现 [block check fail]，通常说明压缩过程异常或压缩文件未完整保存。
  9. 大规模压缩场景建议提前设置 ulimit -n。

6 license 相关

若工具 DCS Tools 或 lickit 无法连接 licproxy，常见报错包括：

  • connection refused
  • couldn't connect to server

建议排查顺序：

6.1 检查与 license 代理是否联通

curl -v http://$PROXY_HOST/api/licensor/licenses/anon/pool

6.2 在部署 licproxy 的机器上检查进程

ps aux | grep licproxy

若进程不存在，请先按 快速开始 中的说明运行代理程序。

6.3 检查 PROXY_HOST 是否设置正确

例如：

export PROXY_HOST=172.20.9.149:8909

6.4 常见认证错误提示

  • Permission denied：无权限或验证失败
  • Size must be greater than 0：提交线程数必须大于零
  • Pool size exceeded：提交线程数大于当前线程数
  • License expired：许可证已过期
  • Unknown error：未知错误

6.5 认证环境变量优先级

认证相关环境变量优先级为：

DCS_DONGLE > DCS_DONGLE_SERVER > PROXY_HOST

若同时设置多个环境变量，程序将按上述优先级顺序选取一种认证模式。

离线单机模式：

export DCS_DONGLE=1

离线集群模式：

unset DCS_DONGLE
export DCS_DONGLE_SERVER=127.0.0.1:8910

在线认证模式：

unset DCS_DONGLE
unset DCS_DONGLE_SERVER
export PROXY_HOST=127.0.0.1:8909

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