v2.0.3

增加aligner的数据截取功能

模块	类型	描述
WGS/WES	功能开发	aligner: 增加数据截取功能，支持指定一定数量的碱基进入比对环节 report: 增加WES的Fold80_Base_Penalty统计
	问题修复	修复aligner生成的bam索引文件后缀命名问题
VarArc	问题修复	修复GVCF压缩问题

v2.0.2

模块	类型	描述
WGS/WES	问题修复	aligner: 修复aligner markdup阶段在部分物种下的问题

修改aligner markdup阶段逻辑，降低该部分的内存占用，并在大数据时实现加速效果。

模块	类型	描述
WGS/WES	问题修复	aligner: 修改aligner markdup阶段逻辑，降低该部分的内存占用，并在大数据时实现加速效果。并修复windows换行符导致的fai文件解析问题
SeqArc	问题修复	修复管道压缩bug

支持多倍体物种的变异检测，体细胞变异检测部分开始支持多线程加速，aligner支持新的索引结构，增强稳定性。

模块	类型	描述
WGS/WES	功能开发	aligner：支持低内存索引模式（运行速度略微降低），对资源要求更友好，并可以解决类似苏铁等基因组的bug variantCaller：支持多倍体物种的变异检测（参数：--ploidy）。添加WES数据的相应统计字段 report：支持输出WES数据的报告 util：bamStat功能（单独统计bam）与variantCaller保持一致，增加WES的统计字段
体细胞变异检测	功能开发	支持多线程加速模式，用--nthread参数设置，32线程下速度能达到原版本的8倍左右。
群体基因组联合分析	功能开发	支持多倍体物种（参数：--ploidy）
VarArc	功能开发	新增该模块，支持对GVCF/VCF文件（文本或gz格式）的压缩和解压
SeqArc	问题修复	修复管道压缩bug

备注：

1、WES数据的bam统计不要使用variantCaller的统计结果，要用util的bamStat功能单独统计

2、多倍体在variantCaller后，建议使用jointcaller来执行GVCF到VCF的操作

支持使用加密狗(dongle)来做离线认证，达到单机使用本工具的目的。

模块	类型	描述
所有模块	功能开发	增加使用加密狗来进行离线license认证的功能，运行机器可以不联网使用DCS Tools
WGS/WES	问题修复	genotyper：修复内存占用较多的问题

模块	类型	描述
WGS/WES	功能开发	genotyper增加--include-non-variant-sites参数，与GATK的GenotypeGVCFs的同名参数功能类似，在VCF中保留GVCF的非变异block信息并将其展开，方便下游遗传病分析等场景。注意该参数开启时，需要设置ref文件(-R)
SeqArc	问题修复	修复获取用户磁盘可用空间异常的bug

模块	类型	描述
WGS/WES	问题修复	aligner: 1. 修复单行长度过长的fasta引起生成fai文件的问题。2. 修复arm架构欧拉操作系统的析构bug variantCaller: 1. 修复某些场景下的段错误。2. 修复某些物种情况下内存问题
SeqArc	功能开发	实现了windows解压工具
SeqArc	功能开发	支持arc直接解压为gz格式，并支持管道模式
SeqArc	功能开发	支持U碱基的压缩和解压
体细胞突变检测	功能开发	新增该模块

支持arm指令架构，并支持样本量和数据量(压缩)统计，配合按样本量数据量的license模式。

模块	类型	描述
WGS/WES	问题修复	bqsr:修复染色体长度超过2G时的bug variantCaller:修复-L参数部分场景下的bug，修复gvcf索引文件问题
	功能开发	aligner:增加共享内存功能，需要开启--useSharedMemIndex参数 variantCaller:1.增加15x覆盖度统计结果 2.兼容有overlap的bed文件 report:更新报告版本号，增加15x覆盖度统计
SeqArc	功能开发	实现了单独的解压工具
	功能开发	实现了基因库的统计功能
JointCalling	问题修复	修复了分区end bug

模块	类型	描述
WGS/WES	问题修复	解决aligner内存泄漏问题
	问题修复	解决aligner在构建某些ref fasta索引时出现卡死问题
SeqArc	功能开发	使用simde来实现跨平台指令集
	功能开发	实现了单独的解压工具
	功能开发	实现了基因库的统计功能

改动模块：aligner, report

模块	类型	描述
WGS/WES	问题修复	修复了aligner某种场景下coredump的问题
	问题修复	修复了aligner输出文件为不带路径的纯文件名时的问题
	问题修复	将aligner生成的bam索引文件重命名为.bam.bai，不再是.bai
	问题修复	修复report模块深度累积频率图潜在问题
	问题修复	quick_start包中wgs脚本中增加set -e，遇到错误时及时退出