FAQ
常见问题（FAQ）
1 为什么推荐先输出 GVCF，而不是直接输出 VCF？
因为 GVCF 更适合后续多样本联合分析，并能保留更完整的参考置信信息。对于队列项目、持续增样项目或长期归档项目，推荐将 GVCF 作为标准中间产物。
2 为什么 WES / panel 项目必须显式使用 BED？
因为 WES / panel 的 calling 范围和统计范围都依赖目标区间定义。如果不显式指定 BED，覆盖度、深度和变异解释会偏向全基因组口径，导致结果失真。
3 为什么 Mutect2 原始结果不能直接作为最终交付？
因为 Mutect2 输出的是未过滤候选集，通常仍包含背景噪音、胚系残留以及平台特异性误差。推荐继续执行 FilterMutectCalls，并结合必要的辅助过滤流程，得到更适合解释和交付的结果。
4 tumor-only 为什么风险更高？
因为缺少匹配正常样本时，更难区分体细胞事件与胚系背景，也更依赖 germline resource、PoN 与后过滤流程控制假阳性。
5 多倍体项目为什么不能直接套用人类二倍体流程？
因为倍性会影响 genotype calling、联合分析和结果解释逻辑。多倍体项目应显式评估 ploidy 参数，并谨慎解释输出结果。
6 为什么不同参考版本的资源不能混用？
因为 FASTA、dbSNP、known sites、interval、germline resource、PoN 等资源都依赖一致的基因组坐标体系。混用不同参考版本，可能导致比对、重校正、变异检测和结果解释全部产生系统性偏差。
7 为什么 cohort 项目不能只保留单样本 VCF？
因为单样本 VCF 不适合作为后续联合定型的标准输入。对于多样本、分批上机或长期增样项目，建议统一保留单样本 GVCF。
8 WGS 和 WES / panel 的统计结果为什么不能直接类比？
因为 WGS 默认覆盖全基因组，而 WES / panel 只面向目标捕获区间。若使用不同的统计口径，覆盖度、深度和变异解释会失去可比性。
9 什么时候优先选择 tumor-normal？
只要存在匹配正常样本，就推荐优先使用 tumor-normal 模式。这样更容易区分体细胞事件与胚系背景，并降低假阳性风险。
10 我应该先看哪个页面？
如果您正在搭流程，建议先看：
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